Una vez, muy atribulado de sus escrúpulos, Ignacio de Loyola se puso en oración a dar gritos a Dios vocalmente, diciendo: Socórreme, Señor, que no hayo ningún remedio en los hombres, ni en ninguna otra criatura; que si yo pensase de poderlo hallar, ningún trabajo me sería grande. […] Le venían muchas tentaciones con grande ímpetu para echarse de un agujero grande que aquella su cámara tenía. Mas conociendo que era pecado matarse, tornaba a gritar: Señor, no haré cosa que te ofenda.

Pensaba Ignacio de Loyola algunas veces que le sería remedio que le mandase su confesor, en nombre de Jesucristo, que no confesase ninguna de las cosas pasadas […] Más, sin que él se lo dijese, el confesor vino a mandarle que no confesase ninguna cosa de las pasadas […] Sin embargo, en todos los ejercicios que hacía no hallaba ningún remedio para sus escrúpulos, siendo pasados muchos meses que le atormentaban.

Mas en esto vino a tener Ignacio de Loyola muchos trabajos de escrúpulos. Porque, aunque la confesión general había sido con asaz diligencia, y toda por escrito, como está dicho, todavía le parescía a las veces que algunas cosas no había confesado, y esto le causaba mucha aflicción; porque, aunque confesaba aquello, no quedaba satisfecho.

Una vez se le presentó a Ignacio de Loyola en el entendimiento con grande alegría espiritual el modo con que Dios había criado el mundo, que le parecía ver una cosa blanca, de la cual salían algunos rayos, y que della hacía Dios lumbre. Mas estas cosas ni las sabía explicar, ni se acordaba del todo bien de aquellas noticias espirituales, que en aquellos tiempos le imprimía Dios en el alma.

En este tiempo le trataba Dios de la misma manera que trata un maestro a un niño, enseñándole; y ora esto fuese por su rudeza y grueso ingenio, o porque no tenía quien le enseñase, o por la firme voluntad de servirle, que claramente él juzgaba y siempre ha juzgado, que Dios le trataba desta manera.

Muchas veces y por mucho tiempo, estando en oración Ignacio de Loyola, veía con los ojos interiores la humanidad de Cristo, y la figura, que le parecía era como un cuerpo blanco, sin distinción de miembros […] Esto visto le confirmó tanto entonces como siempre en la fe, que muchas veces ha pensado consigo: si no hubiese Escriptura que nos enseñase estas cosas de la fe, él se determinaría a morir por ellas, solamente por lo que ha visto.

En la misma Manresa, a donde Ignacio de Loyola estuvo cuasi un año, después que empezó a ser consolado de Dios y vio el fructo que hacía en las almas tratándolas, dejó aquellos extremos que de antes tenía; ya se cortaba las uñas y cabellos.