Mientras las cartas de Francisco Javier despertaban tanta admiración en Europa, su autor estaba sumido en dudas y desolación: «Estoy tan enfadado de vivir, que juzgo ser mejor morir». El 7 de abril de 1544 escribía estas significativas palabras: «Dios nuestro Señor, por tiempo nos dé a sentir su santísima voluntad; y quiere de nosotros que siempre estemos prestos para cumplirla todas las veces que nos la manifestare y diere sentir dentro en nuestras almas; y para estar bien en esta vida hemos de ser peregrinos para ir a todas partes donde más podemos servir a Dios nuestro Señor».

Estando Francisco Javier junto a la iglesia de Santo Tomás en un barrio de Madrás (La India), rezaba y se disciplinaba por la noche en una caseta adosada a la iglesia pidiendo luz para ver la voluntad de Dios […] Una noche su criado se despertó escuchándole gritar implorando a la Virgen muchas veces: «¿Señora, non me habéis de valer?», como hizo Ignacio en la Storta, «rogando a la Virgen que le quisiere poner con su Hijo». Quedóse indispuesto dos días, pero la luz que pedía le vino al fin y escribió a sus compañeros de Goa: «En esta casa tomé por oficio ocuparme en rogar a Dios nuestro Señor me diese a sentir dentro de mi alma su santísima voluntad, con firme propósito de cumplirla. Quiso Dios por su acostumbrada misericordia, acordarse de mí; y con mucha consolación interior sentí y conocí ser su voluntad fuera yo a aquellas partes de Malaca».

Queridas hermanas y hermanos. Pongamos más empeño todavía en consolidar nuestra vocación y elección. Si hacemos así, nunca jamás tropezaremos; de este modo se nos concederá generosamente la entrada en el Reino eterno de nuestro Señor y salvador Jesucristo.

Frente a los restos de San Pedro Claver, defensor de los esclavos negros africanos traídos a Cartagena de Indias, iniciador y precursor de la defensa de los derechos humanos, pido a este gran y querido santo que por su intercesión nos haga encontrar cauces y caminos concretos en nuestra vida para hacernos sensibles, acogedores y servidores de los pobres y excluidos.

En una carta escrita por Francisco Javier desde las Indias el 15 de enero de 1544, dejó escapar este grito: «Muchos cristianos se dejan de hacer en estas partes por no haber personas que en tan pías y santas cosas se ocupen. Muchas veces me mueven pensamientos de ir a los estudios destas partes, dando voces como un hombre que tiene perdido el juicio, y principalmente a la universidad de París, diciendo en Sorbona a los que tienen más letras que voluntad para disponerse a fructificar con ellas: ¡cuántas ánimas dejan de ir a la gloria y van al infierno por negligencia dellos».

En el viaje que hizo Pedro Fabro a pié, según la práctica de los primeros jesuitas iniciada por Ignacio, un día se perdió y una familia lo acogió con mucha amabilidad. Tras la cena les habló de Dios como él solía hacerlo. Mientras todos estaban pendientes de sus labios, dieciséis facinerosos provistos de armas blancas y fuego entraron tumultuosamente y hubo que servirles de todo sin lograr que se calmaran. Al observar la apacible calma de Fabro, se encararon con él. Él les echo en cara su conducta con tal autoridad y elocuencia que se quedaron sin respuesta. Con el respeto así ganado, les habló al corazón y ellos acabaron pidiéndole que les confesara.