Mientras las cartas de Francisco Javier despertaban tanta admiración en Europa, su autor estaba sumido en dudas y desolación: «Estoy tan enfadado de vivir, que juzgo ser mejor morir». El 7 de abril de 1544 escribía estas significativas palabras: «Dios nuestro Señor, por tiempo nos dé a sentir su santísima voluntad; y quiere de nosotros que siempre estemos prestos para cumplirla todas las veces que nos la manifestare y diere sentir dentro en nuestras almas; y para estar bien en esta vida hemos de ser peregrinos para ir a todas partes donde más podemos servir a Dios nuestro Señor».