Cuando se hicieron las votaciones para la elección del primer general de la Compañía de Jesús, todos los votos recayeron sobre Ignacio. Entonces se produjo el drama. El elegido por unanimidad no aceptó su elección. Hablando con indudable sinceridad, «hizo una plática según que en su ánima sentía» diciendo que prefería con mucho ser gobernado que gobernar, que no se creía capaz de gobernarse a sí mismo, cuánto menos a otros y que «por sus muchos malos hábitos pasados y presentes, faltas y miserias», rehusaba aceptar el cargo a menos que constase más claramente que debía aceptarlo.